Fofana từng là cầu thủ trẻ của Pháp và anh đã từng thi đấu cho các cấp đội tuyển U-19 đến U-21.[13]

Vào ngày 15 tháng 9 năm 2022, Fofana lần đầu tiên được triệu tập vào đội tuyển quốc gia Pháp cho hai trận đấu tại UEFA Nations League gặp Áo và Đan Mạch.[14] Vào tháng 11, anh được triệu tập để tham dự FIFA World Cup 2022 ở Qatar bởi Didier Deschamps.[15] Tại giải đấu này, anh ra sân sáu trong bảy trận của Pháp, bắt đầu tại trận thua Tunisia 1–0 ở vòng bảng[16] và chiến thắng 2–0 trước Maroc ở bán kết. Trong trận chung kết trước Argentina vào ngày 18 tháng 12, Fofana vào sân thay người ở phút thứ 96 trong hiệp phụ cho Adrien Rabiot. Trận đấu kết thúc với tỷ số 3–3 và Argentina giành chiến thắng sau loạt sút luân lưu.[17]

Vào ngày 18 tháng 11 năm 2023, Fofana ghi bàn thắng đầu tiên cho Pháp khi ghi bàn thắng thứ bảy trong chiến thắng 14–0 trước Gibraltar ở vòng loại UEFA Euro 2024.[18] Trong trận đấu tiếp theo trước Hy Lạp, anh ghi bàn thắng từ cự ly 25 m trong trận hòa 2–2.[19]